1、投資主體不同。
有限責任公司的投資主體可以是自然人，也可以是法人。而個人獨資企業的投資主體只能是自然人。
2、法律形式不同。
有限責任公司屬于法定的民事主體，具有法人資格。個人獨資企業屬于非法人組織，不具有法人資格。有限責任公司的名稱應該帶有“有限責任公司”字樣，而個人獨資企業的名稱則不能稱公司。
3、稅收征繳規定不同。
有限責任公司按照稅法規定，需要繳納企業所得稅。個人獨資企業不需要繳納企業所得稅，只需要繳納個人所得稅。
4、投資者責任承擔不同。
有限責任公司的股東以認繳的出資額為限承擔“有限責任”，僅在股東不能證明公司財產獨立于股東自己的財產的情況下對公司債務承擔連帶責任。而個人獨資企業的投資人以其個人財產對企業債務承擔無限責任，投資人在申請企業設立登記時明確以其家庭共有財產作為個人出資的，應當依法以家庭共有財產對企業債務承擔無限責任。
5、財務核算不同。
有限責任公司的財務核算要求高于個人獨資企業。有限責任公司應當在每一會計年度終了時編制財務會計報告，并經會計師事務所審計。個人獨資企業則只需依法設置會計帳簿，進行會計核算，無需經會計師事務所審計。
